مبانی ارزشهای نظام علم و فناوری کشور بر پایه مبانی نظری ، که در مجموعه اسناد پشتیبان نقشه جامع علمی کشور ارائه شده، استوار است و به مثابه روح حاکم بر حرکت علمی کشور، مشخص کننده جهت گیری های نظام و اولویت ها و باید و نبایدها در عرصه های آموزش، پرورش، پژوهش و فناوری براي حركت در مسیر بسط انديشه الهي و گسترش انديشه حاكميت جهاني و نیل به جامعه جهانيِ سرشار از عدالت و توحيد، تحت مديريت انسان كامل است. مهمترین اینارزش ها عبارتند از:
- حاکمیت جهان بینی توحیدی اسلام در تمام ابعاد علم و فناوری؛
- علم هدایتگر و هدفمندی آخرتگرایانه علم و فناوری؛
- عدالت محوری، پرورش استعدادها و دستیابی همگان به خصوص مستضعفان در حوزه علم و فناوری و تقویت خالقیت، نوآوری و خطرپذیری در علم؛
- کرامت انسان با تکیه بر فطرت حقیقت جو، عقل گرا، علم طلب و آزادگی وی؛
- آزاداندیشی و تبادل آرا و تضارب افکار (جدال احسن)؛
- توجه به اصل عقلانیت، تکریم علم و عالم، ارزشمندی علمو ضرورت احترام حقوقی و اخلاقی به آفرینش های فکری- علمی و دستاوردهای علمی بشری و بهره گیری از آنها در چارچوب نظام ارزشی اسلام؛
- علم و فناوری کمال آفرین، توانمندساز، ثروت آفرین و هماهنگ با محیطزیست، سلامتمعنوی و جسمی، روانی و اجتماعی آحاد جامعه؛
- ایجاد تحول بنیادین علمی به خصوص در بازبینی و طراحی علوم انسانی در چارچوب جهان بینی اسلامی؛
- تعامل فعال و الهام بخش با محیط جهانی و فرآیندهای توسعه علم و فناوری در جهان؛
- اخلاق محوری، تقدم مصالح عمومی بر منافع فردی و گروهی، تقویت روحیه تعاون و مشارکت و مسئولیت پذیری آحاد جامعه علمی و نهادهای مرتبط با آن.
